主要的应用程序：
数据库：
- Phytome v. 2 (released Aug 2006) allows you to search 46,353 Unipeptide Families from 136 different plant species.
计算步骤：
1,获得这两个物种树和相应的基因家族树（Phytome）。
2,使用softparsmap软件比较和核对这些树。
构建协调树（reconciled tree）的一些软件：
| 名称 (URL) | 版本 | 操作系统 | 命令行 |
| GeneTree | 1.3.0 | Mac OS 7.5 or later, Win 95/NT 4.0 or later | 无(只有GUI) |
| SDI | Java | 有 | |
| Softparsmap | 1.02 | Java | 有 |
| gtp | 0.15 | Unix? | 有 |
| Notung | 2.5 | Win, Unix, Max OS X | 有 |
| RAP | NA | Java | 无 (RAP); 有 (RAP-masse) |
| RIO | Java (Perl) | 有 | |
| prIMETV | |||
| EvolMAP | 1.0 | Java | 命令行和GUI |
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